Dieser Nationalpark wurde als herausragendes „wichtiges Vogelschutzgebiet“ in den Feuchtgebieten Südindiens und Sri Lankas identifiziert. Hier wurden 197 Vogelarten identifiziert, wobei die Feuchtgebiete etwa 100 Arten von Wasservögeln beherbergen, von denen die Hälfte Zugvögel sind. Von den 197 Vogelarten sind 58 Zugvögel. Der Bundala-Nationalpark ist das letzte bekannte Refugium des Rosaflamingos und während der Migrationszeit können hier große Schwärme beobachtet werden. Bundala ist der einzige Nationalpark in Sri Lanka, in dem Safari-Besucher beide auf der Insel vorkommenden Krokodilarten beobachten können. Hier können große Zahlen von Leistenkrokodilen und Sumpfkrokodilen beobachtet werden.