أسسها يوسف بن تاشفين عام ١٠٧١، على رأس إمبراطورية المرابطين البربرية. في الماضي، عُرفت المغرب في الشرق باسم مراكش (وهو اسم لا يزال شائعًا في إيران).

المسجد مُزَيَّن بنوافذ مُقوَّسة، وشريط من الخزف، وشرفات مُدبَّبة، وأقواس مُزخرفة. له ساحة واسعة مُزدانة بحدائق، ويُضاء ليلًا. أما المئذنة، التي يبلغ ارتفاعها ٧٧ مترًا (٢٥٣ قدمًا)، فتضم سهمًا وكرات. أُكمِل بناؤه في عهد الخليفة الموحدي البربري يعقوب المنصور (١١٨٤-١١٩٩)، وقد ألهمت مبانٍ أخرى مثل خيرالدا إشبيلية وصومعة حسان في الرباط.

يعود تاريخ المجمع إلى عهد السعديين، أي قبل أكثر من أربعمائة عام. أُعيد بناء "الحديقة السرية" في منتصف القرن التاسع عشر بأمر من أحد قادة جبال الأطلس ذوي النفوذ، وكانت مقرًا لبعض أهم الشخصيات السياسية في المغرب ومراكش. تُعدّ "الحديقة السرية" جزءًا من التراث العريق للقصور العربية الأندلسية والمغربية الفخمة.

يقع بجوار متحف مراكش، على بُعد حوالي ٤٠ مترًا جنوب مسجد بن يوسف. وهو المثال الوحيد المتبقي من العمارة المرابطية في مراكش. شُيّد المبنى عام ١١١٧، وجُدّد لاحقًا في القرنين السادس عشر والتاسع عشر. أُعيد اكتشافه عام ١٩٤٨، ونُقّب عنه عام ١٩٥٢، بعد أن دُفن تحت أحد المباني الملحقة بمسجد بن يوسف.

ظلت المدرسة لأكثر من أربعة قرون ملاذًا للطلاب الباحثين عن المعرفة في مختلف العلوم، بما في ذلك علم اللاهوت. ضمت ١٣٢ غرفة للطلاب غير المراكشيين، وكانت تتسع لما يصل إلى ٩٠٠ طالب.