Le musée est situé dans la ville d'El Alamein, sur la côte nord-ouest de l'Égypte, au bord de la mer Méditerranée. À 1,6 km d'Alexandrie, elle fut le théâtre de l'une des plus importantes batailles de la Seconde Guerre mondiale, en octobre 1942, entre les Alliés et les forces de l'Axe. Les Alliés ont choisi cette région pour se replier sur leur ligne défensive d'El Alamein, en raison de son emplacement géographique privilégié. Elle est bordée au nord par la mer Méditerranée et au sud par la dépression de Qattara. L'Égypte a aidé les forces alliées à vaincre les forces de l'Axe, à les chasser du pays et à enterrer leurs victimes. De nombreux pays viennent rendre visite à leurs proches le 23 octobre de chaque année.

La bataille d'El Alamein (23 octobre – 11 novembre 1942) fut une bataille de la Seconde Guerre mondiale qui se déroula près de la halte ferroviaire égyptienne d'El Alamein. La première bataille d'El Alamein et la bataille d'Alam el Halfa avaient empêché l'Axe d'avancer plus avant en Égypte. En août 1942, le général Claude Auchinleck fut limogé de son poste de commandant en chef du Commandement du Moyen-Orient et son successeur, le lieutenant-général William Gott, fut tué alors qu'il allait le remplacer à la tête de la Huitième Armée. Le lieutenant-général Bernard Montgomery fut nommé à ce poste et mena l'offensive de la Huitième Armée. La victoire alliée marqua le début de la fin de la campagne du désert occidental, éliminant la menace de l'Axe sur l'Égypte, le canal de Suez et les champs pétrolifères du Moyen-Orient et de la Perse. La bataille a ravivé le moral des Alliés, étant le premier grand succès contre l'Axe depuis l'opération Crusader à la fin de 1941. La bataille a coïncidé avec l'invasion alliée de l'Afrique du Nord française lors de l'opération Torch le 8 novembre, la bataille de Stalingrad et la campagne de Guadalcanal.