Abritant d'innombrables vestiges architecturaux et sites historiques, la ville de Cuzco regorge d'attractions qui offrent aux visiteurs un aperçu de sa riche histoire. La place principale de Cuzco, la Plaza de Armas, en est le cœur, tant par son emplacement que par son importance. « Place du Guerrier » à l'époque inca, la Plaza de Armas de Cuzco a été le théâtre de nombreux événements majeurs de la ville et abrite aujourd'hui encore trois des églises les plus importantes de la ville : la cathédrale de Cuzco, l'église du Triomphe et l'église de la Compañía de Jesus. Voici un bref aperçu de ces églises remarquables de la place principale de Cuzco et de ce que les visiteurs peuvent y découvrir. L'église du Triomphe (Iglesia del Triunfo) fut la première église à être construite sur la place principale de Cuzco. Sa construction débuta en 1536, trois ans seulement après l'arrivée des conquistadors espagnols à Cuzco. Les Jésuites ont construit l'église sur le Suntur Wasi, un bâtiment cérémoniel inca, une armurerie et un centre héraldique rattaché au palais de Viracocha. Il s'agit de la première église chrétienne à avoir été construite dans tout Cusco. La basilique-cathédrale de l'Assomption de la Vierge (également connue sous le nom de cathédrale de Cusco) fut la deuxième église que les Jésuites commencèrent à construire sur la place principale de Cusco, mais elle fut la dernière à être achevée. La construction de la cathédrale de Cusco débuta en 1559 et s'acheva près d'un siècle plus tard, en 1654. Comme l'église du Triomphe, la cathédrale de Cusco fut construite sur les fondations d'un site sacré inca (un thème qui perdura). Conçue en forme de croix latine, son emplacement fut choisi sur les fondations du kiswarkancha, dans le but d'éliminer la religion inca de Cusco et de la remplacer par le christianisme catholique espagnol. Autrefois, Kiswarkancha servait de palais inca à Viracocha, souverain du royaume de Cuzco, près d'un siècle avant l'arrivée des conquistadors espagnols. Comme la majorité de la population de Cuzco était encore d'origine quechua-inca au moment de la construction, les Espagnols ont fait appel à la main-d'œuvre inca pour construire la cathédrale.

Koricancha est l'exemple le plus impressionnant de la fusion des cultures inca et hispanique. Les vestiges de l'ancien Temple du Soleil des Péruviens ont servi de fondations à l'église et au couvent de Santo Domingo. Symbole de la domination occidentale, ce site est un exemple vivant de la coexistence du passé péruvien avec l'architecture européenne. Le temple a été construit avec des pierres finement sculptées. À l'intérieur, les murs des nombreuses chambres sont recouverts de feuilles d'or et d'argent. La taille incroyable des pierres des murs incas, dont trois présentent plus de 30 angles, ne manquera pas d'attirer l'attention. Un bloc de 24 angles et 6 côtés est également remarquable. La grande tourelle inca domine le site et met en valeur l'une des niches cérémonielles percées de trous en bas-relief, dédiée au solstice d'hiver. Dans la partie inférieure du temple, se trouvent des fontaines et des jardins où les tribus conquises venaient déposer leurs offrandes. Le sanctuaire intérieur du temple était réservé aux plus hautes autorités de l'époque et attirait des personnes de communautés de tout l'Empire qui voulaient adorer et rendre hommage aux dieux Tahuantinsuyo.

Le nom Sacsaywaman ou Sacsayhuamán est dérivé de deux mots quechua : « Sacsay », qui signifie rassasier, et « wamán », qui signifie faucon. Ensemble, ils signifient « mange à satiété, faucon ». Cette signification déroutante fait référence au fait que les oiseaux étaient les protecteurs divins des Incas et des bataillons militaires. Situé à 2 km de la place de Cuzco, à 3 670 mètres d'altitude, il est entouré par les monts Ausangate, Pachatusán et Sencca. Il couvre une superficie de 30 km², abritant d'incroyables sites archéologiques et architecturaux, notamment : Kolcampata, Qenqo Grande et Qenqo Chico, Laqo, Kusilluchayoq, Lanlakuyuq, Llaullipata, Chacan, Pukapukara et Tambomachay. On estime qu'environ 20 000 hommes ont travaillé à la taille et au transport de pierres gigantesques provenant de Huaqoto et de Rumiqolqa pour construire cette forteresse cérémonielle inca. Sacsayhuamán est une œuvre architecturale dont les murs mégalithiques peuvent peser de 99 à 138 tonnes. Les pierres sont de tailles différentes et certaines présentent plus d'une centaine d'angles, chacun emboîté et assemblé sans aucun mortier.

L'Empire inca fut entièrement détruit par les forces européennes au XVIe siècle. Nombre de ses temples, forteresses et villes imposants furent préservés, mais sans aucun indice quant à leur fonction. Le temple de Qenqo, à quinze minutes de Cuzco, est tout aussi mystérieux, et un sombre récit s'est formé dans ce vide historique. En quechua, Qenqo signifie labyrinthe ou zigzag, et le temple doit son nom au canal tortueux creusé dans la roche. Bien qu'il soit clair que ce canal transportait un liquide, les chercheurs ont dû deviner sa fonction et le liquide qu'il transportait. Les hypothèses vont du transport d'eau bénite à la chicha (bière de maïs) en passant par le sang. Toutes trois indiquent que Qenqo était utilisé pour des rituels funéraires, peut-être pour embaumer les corps ou pour déterminer si une personne menait une vie vertueuse grâce au cours du liquide. Qenqo est également un temple unique par sa construction, entièrement creusé dans un gigantesque monolithe. Étendu à flanc de colline, le temple est creusé dans la roche et allie tunnels artificiels et chambres naturelles. L'une de ces chambres, percée de 19 petites niches, est aménagée en amphithéâtre. La fonction du théâtre s'est, une fois de plus, perdue au fil du temps, mais la plupart des spécialistes s'accordent à dire que cet espace était utilisé pour des sacrifices aux dieux du soleil, de la lune et des étoiles, vénérés sur le site. D'après les informations disponibles, il semble que le temple de Qenqo ait été un lieu extrêmement sacré pour les Incas. Leurs morts étaient jugés et probablement embaumés dans les tunnels sinueux de Qenqo, et des sacrifices sanglants étaient offerts aux dieux célestes. Malgré la fonction probablement macabre du temple, ses tunnels et chambres sculptés constituent une œuvre d'architecture antique remarquable, et une visite à Qenqo ne manquera pas de réveiller le mystère qui sommeille en chaque visiteur.

À 7,2 km au nord-est de Cuzco se trouve Tambomachay. À 3 700 mètres d'altitude, ces thermes incas se composent d'un ensemble de structures construites avec des pierres taillées avec précision. L'eau des ruisseaux voisins s'écoule à travers le site par des aqueducs et de petites cascades. Tambomachay était lié à la vénération de l'eau, un élément important de la vision du monde andine. C'est pourquoi il possède deux aqueducs ornés de gravures artistiques dans la roche, qui transportent et fournissent un flux constant d'eau pure tout au long de l'année. Son nom, qui signifie « lieu de repos », laisse penser que les Incas venaient à ces bains pour se reposer. Aujourd'hui, c'est l'un des meilleurs itinéraires de randonnée, offrant aux touristes une aventure au cœur d'un paysage naturel fascinant.

Le complexe abrite de nombreuses salles, places intérieures, aqueducs, tours de guet et sentiers. Son rôle aurait été celui d'un « tambo », c'est-à-dire d'un lieu de repos et d'hébergement. Selon la légende, chaque fois que l'Inca visitait Tambomachay, il était accompagné d'une importante suite qui séjournait à Puka Pukara. Son aspect fortifié lui a valu le surnom de forteresse.