Гора Инаса (稲佐山, Инасаяма) — гора высотой 333 метра, расположенная недалеко от центра города Нагасаки. На вершину можно подняться по канатной дороге, на автобусе или автомобиле, и оттуда открываются великолепные виды на город. Фактически, ночные виды с горы Инаса входят в тройку лучших ночных видов Японии, наряду с видами с горы Хакодате и горы Рокко. На вершине расположены несколько теле- и радиоантенн, а также смотровая площадка с рестораном.

Сад Гловера (グラバー園, Glover-en) — музей под открытым небом в Нагасаки, в котором представлены особняки нескольких бывших иностранных жителей города и связанные с ними здания. Он расположен на холме, где поселились западные торговцы после окончания эпохи изоляции Японии во второй половине XIX века. Главной достопримечательностью сада является бывший дом Гловера, старейшее деревянное здание в западном стиле в Японии. Томас Гловер (1838-1911) был шотландским торговцем, который переехал в Нагасаки после открытия его порта для иностранной торговли в 1859 году. Позже он помогал некоторым революционерам, которые в конечном итоге свергли сёгунат Токугава во время Реставрации Мэйдзи. Работая в различных отраслях промышленности, включая судостроение и горнодобывающую промышленность, Гловер играет видную роль в ранней истории индустриализации Японии.

Храм Софукудзи (崇福寺, Sōfukuji) — храм в Нагасаки, принадлежащий школе Обаку дзен-буддизма. Первоначально построенный в 1629 году для китайских жителей Нагасаки, храм построен в китайском архитектурном стиле и несколько отличается от других храмов в Японии. Софукудзи построен вдоль склона холма. Внизу находятся двухэтажные входные ворота храма, Рюгумон (буквально: Ворота Дворца Дракона). Как и весь храм, они окрашены в ярко-красный цвет. Ворота были изначально построены в 1673 году, но несколько раз были разрушены пожаром и штормами, прежде чем последняя реконструкция была завершена в 1849 году.

Дэдзима (出島) был искусственным островом в порту Нагасаки, построенным в 1636 году для отделения португальских жителей от японского населения и контроля их миссионерской деятельности. Несколько лет спустя португальцы были изгнаны из Японии, а голландская торговая станция, ранее располагавшаяся в Хирадо, была перенесена в Дэдзиму. Голландцы были ограничены Дэдзимой в течение двух столетий изоляции Японии как единственные оставшиеся западные люди, которым было разрешено находиться в стране. Сегодня Дэдзима больше не является островом, так как окружающая территория была отвоевана в 20 веке. Однако ряд исторических сооружений Дэдзимы остались или были реконструированы в этом районе, включая различные резиденции, склады, стены и ворота. Конечная цель — превратить Дэдзиму обратно в остров, выкопав каналы вокруг всех четырех сторон.

Собор Ураками (浦上天主堂, Urakami Tenshudō) — католическая церковь в Нагасаки с трагической, но интересной историей. Сегодня это действующая церковь, расположенная в большом здании из красного кирпича в европейском стиле. В соборе хранятся различные реликвии, пережившие атомную бомбардировку. Атомная бомба была сброшена на Нагасаки 9 августа 1945 года и почти полностью уничтожила церковь, которая находилась всего в 500 метрах от эпицентра. Группа обугленных каменных святых осталась на месте и до сих пор стоит перед разрушенной стеной перед собором. Внутри также находятся другие реликвии, в том числе сохранившаяся голова статуи Святой Марии, извлеченная после взрыва, и один из оригинальных колоколов церкви. Современное воплощение собора было завершено в 1959 году.

Музей истории и культуры Нагасаки (長崎歴史文化博物館, Nagasaki Rekishi Bunka Hakubutsukan) — это хорошо выполненный современный музей, посвященный истории Нагасаки как одного из крупнейших международных торговых портов Японии. Довольно большая постоянная экспозиция занимает два этажа и состоит из различных секций, каждая из которых посвящена отдельному аспекту богатой истории Нагасаки. В период Эдо японское правительство приняло изоляционизм, фактически отрезав страну от остального мира. В это время Нагасаки стал одним из немногих портов, где была разрешена международная торговля, а именно с китайцами и голландцами. Это временно сделало город главным окном Японии во внешний мир и позволило процветать богатой экономике, культуре и истории.

Церковь Оура (大浦天主堂, Ōura Tenshudō) — католическая церковь в Нагасаки. Построенная в конце периода Эдо в 1864 году французским миссионером для растущего сообщества иностранных торговцев в городе, она считается старейшей действующей христианской церковью в Японии. Церковь Оура посвящена памяти 26 христиан, казненных в городе в 1597 году. Сегодня действующая церковь является привлекательным примером современной европейской архитектуры, привлекая множество посетителей. Церковь стала первым зданием в западном стиле в Японии, признанным национальным достоянием. Высокая плата за вход включает вход в музей об истории христианства в Японии.

Храм Кофукудзи (興福寺, Kōfukuji) — старейший и один из важнейших храмов, основанных китайцами в Нагасаки. Расположенный в районе Терамачи («Город храмов»), он является местом рождения школы Обаку дзен-буддизма в Японии и имеет много интересных особенностей. Храм был основан около 1620 года китайским монахом в то время, когда большое количество китайских торговцев приезжало в Нагасаки для торговли. Первоначально комплекс был создан как место для молитв о безопасном морском путешествии для торговцев, и на его конструкцию сильно повлияли китайские архитектурные стили, что делает его непохожим на другие храмы в Японии.

Храм Конфуция в Нагасаки (孔子廟, Kōshi-byō) — один из немногих храмов, посвященных почитаемому китайскому философу Конфуцию в Японии. Храм был построен в 1893 году китайской общиной Нагасаки. В красочном, атмосферном храме также есть музей в задней части территории. Небольшой сад с мостом и прудом встречает посетителей у входа. Богато украшенные здания в китайском стиле украшены желтыми крышами. По бокам двора храма стоят 72 мудреца, каменные статуи в натуральную величину, каждая из которых весит около двух тонн и изображает учеников Конфуция. Храм призывает посетителей найти среди статуй ту, которая напоминает родственника.

Памятник двадцати шести мученикам и прилегающий к нему музей (二十六聖人記念館, Nijūroku Seijin Kinenkan) в Нагасаки посвящены двадцати шести христианам, казненным здесь 5 февраля 1597 года. Среди них были как иностранные миссионеры, так и японские миряне. Миссионерская деятельность в то время была запрещена, и правитель Японии Тоётоми Хидэёси инсценировал казнь в качестве предупреждения. Памятник расположен в небольшом парке на холме недалеко от станции Нагасаки и предлагает прекрасный вид на город. Прямая красная линия проходит от памятника через площадь парка в направлении церкви Оура на противоположной стороне города. Церковь Оура также посвящена 26 мученикам.

Dutch Slope (オランダ坂, Oranda-zaka) — это мощеная камнем улица, ведущая вверх по склону холма в Нагасаки, где проживало много иностранных торговцев после открытия городского порта для иностранной торговли в 1859 году. Поскольку голландцы были единственными западными людьми, которым разрешалось находиться в стране в течение предыдущих двух столетий, «голландским» некоторое время называли все западное. Сегодня в этом районе сохранилось несколько бывших резиденций. Среди них Higashi Yamate 13, открытая для публики. Этот старый дом в западном стиле, когда-то принадлежавший состоятельной европейской семье, хорошо сохранился, сохранилась большая часть старой мебели и планировки комнат. Наверху есть балкон, с которого открывается прекрасный вид на окрестности. На первом этаже находится кафе.

Меганэбаси (眼鏡橋, дословно «Мост очков») — самый примечательный из нескольких каменных мостов, которые пересекают реку Накасима в центре Нагасаки. Мост, получивший свое название из-за сходства с парой очков, отражающихся в речной воде, является популярной туристической достопримечательностью и считается важным культурным достоянием. Первоначально мост был построен в 1634 году, его строительством руководил китайский монах, который впоследствии стал священником храма Кофукудзи, расположенного в нескольких минутах ходьбы. Мост, как и многие другие мосты вдоль реки, был сильно поврежден наводнением в 1982 году, но с тех пор был отремонтирован с использованием восстановленных камней. Вдоль берега реки проложена каменная дорожка, по которой приятно гулять, любуясь прекрасным видом на воду и мосты. На дорожке царит спокойная атмосфера, и к ней можно подняться по ступенькам с уровня улицы, расположенным в разных точках вдоль реки.

Художественный музей префектуры Нагасаки — это современный и просторный комплекс, красиво расположенный рядом с портом Нагасаки. Музей, спроектированный известным архитектором Кума Кенго, открылся в 2005 году и содержит постоянные коллекции произведений искусства, связанных с Нагасаки, а также большую коллекцию испанского искусства. Кроме того, здесь также проводятся временные выставки.

Парк мира Нагасаки (平和記念公園), построенный недалеко от эпицентра атомной бомбы, чтит память жертв бомбардировки 1945 года и пропагандирует всеобщий мир. Его центральная статуя мира символизирует надежду и память. В парке находятся международные памятники миру, Фонтан мира, а также он расположен недалеко от Музея атомной бомбы и парка эпицентра.

Музей атомной бомбы Нагасаки (長崎原爆資料館), расположенный недалеко от эпицентра бомбардировки 9 августа 1945 года, документирует разрушения, вызванные атомной бомбой, и историю восстановления города. В музее представлены такие артефакты, как расплавленные чётки, часы, остановившиеся в 11:02, и личные вещи жертв. Фотографии, свидетельства выживших и экспонаты музея передают ужасы ядерной войны и пропагандируют идеи мира. В музее есть аудиогиды, библиотека, видеозал и безбарьерный доступ. Музей служит ярким напоминанием о последствиях войны и острой необходимости ядерного разоружения и прочного мира во всём мире.