Шедевр Леонардо, «Тайная вечеря», один из величайших шедевров живописи в мире, занимает торцевую стену бывшей трапезной доминиканского монастыря XV века. Картина, написанная Леонардо между 1495 и 1498 годами, изображает апостолов, сидящих рядом с Иисусом, когда тот объявляет, что один из них предаст его. Чувства учеников, выражаемые их жестами, движениями и лицами, контрастируют с кажущейся неподвижностью Христа, возвышающегося в центре строго симметричной композиции, выстроенной в идеальной перспективе. Картина чудом уцелела во время бомбардировок августа 1943 года, в результате которых пострадали близлежащий клуатр и часть церкви.