L'inauguration du Musée archéologique de Varna et son développement ultérieur sont étroitement liés aux noms des deux frères Herman et Karel Škorpil, d'origine tchèque, venus contribuer à l'éducation et à la culture de leur nation sœur slave après la libération de la Bulgarie du joug turc. En 1894, ils s'installèrent définitivement à Varna. Le 12 décembre 1901, un groupe de personnalités et d'enseignants actifs dans la société fonda la Société archéologique de Varna, qui, depuis des décennies, est le principal moteur de l'intérêt et de l'étude de l'histoire de Varna, de sa région et du nord-est de la Bulgarie. L'inauguration d'un musée archéologique était une mission primordiale pour la Société. Le bâtiment fut initialement construit pour accueillir un lycée de filles entre 1892 et 1898, d'après les plans du célèbre architecte bulgare Petko Momchilov. Son style architectural est celui de la Nouvelle Renaissance. Le bâtiment comprend un sous-sol et deux étages. Il forme presque un carré et comprend une vaste cour intérieure. Certaines salles et couloirs sont décorés de peintures murales. Un couloir continu traverse tout le bâtiment et mène aux salles d'exposition.