La collection permanente est divisée en deux sections distinctes, l'une chronologique, l'autre thématique. Les domaines chronologiques seront les suivants : archaïque, pharaonique, gréco-romain, copte, médiéval, islamique, moderne et contemporain. Les domaines thématiques seront les suivants : l'aube des civilisations, le Nil, l'écriture, l'État et la société, la culture matérielle, les croyances et la pensée, et la galerie des momies royales. L'UNESCO a apporté une assistance technique au musée. Les collections proviennent d'autres musées égyptiens, tels que le Musée égyptien, le Musée copte, le Musée d'art islamique, le Palais et musée Manial du Caire et le Musée des bijoux royaux d'Alexandrie. Le 3 avril 2021, le musée a été officiellement inauguré, juste avant le transfert de 22 momies, dont 18 rois et quatre reines, du Musée égyptien lors d'un événement baptisé « La Parade dorée des pharaons ».