Le mont Inasa (稲佐山, Inasayama) est une montagne de 333 mètres d'altitude située près du centre-ville de Nagasaki. On peut atteindre son sommet en téléphérique, en bus ou en voiture et il offre une vue imprenable sur la ville. La vue nocturne depuis le mont Inasa est d'ailleurs classée parmi les trois plus belles du Japon, avec celles des monts Hakodate et Rokko. Plusieurs antennes de télévision et de radio, ainsi qu'une plateforme d'observation avec restaurant, se trouvent au sommet.

Le Jardin Glover (グラバー園, Glover-en) est un musée en plein air de Nagasaki qui expose les demeures de plusieurs anciens résidents étrangers de la ville, ainsi que des bâtiments associés. Il est situé sur la colline où les marchands occidentaux se sont installés après la fin de la période d'isolement du Japon, dans la seconde moitié du XIXe siècle. L'attraction principale du jardin est l'ancienne maison Glover, le plus ancien bâtiment en bois de style occidental du Japon. Thomas Glover (1838-1911) était un marchand écossais qui s'installa à Nagasaki après l'ouverture de son port au commerce extérieur en 1859. Il apporta plus tard son soutien à certains des révolutionnaires qui renverseront le shogunat Tokugawa lors de la restauration Meiji. Actif dans divers secteurs, notamment la construction navale et l'exploitation minière, Glover a joué un rôle important dans les débuts de l'industrialisation du Japon.

Le temple Sofukuji (崇福寺, Sōfukuji) est un temple de Nagasaki appartenant à l'école Obaku du bouddhisme zen. Construit à l'origine en 1629 pour les habitants chinois de Nagasaki, le temple présente un style architectural chinois et se distingue des autres temples japonais. Sofukuji est construit à flanc de colline. Au pied du temple se dresse la porte d'entrée à deux étages, Ryugumon (littéralement « Porte du Palais du Dragon »). Comme le reste du temple, elle est peinte en rouge vif. Construite en 1673, elle fut détruite à plusieurs reprises par des incendies et des tempêtes avant que sa dernière reconstruction ne soit achevée en 1849.

Dejima (出島) était une île artificielle située dans le port de Nagasaki, construite en 1636 pour séparer les résidents portugais de la population japonaise et contrôler leurs activités missionnaires. Quelques années plus tard, les Portugais furent expulsés du Japon et le comptoir commercial hollandais, autrefois situé à Hirado, fut transféré à Dejima. Les Néerlandais furent confinés à Dejima pendant les deux siècles d'isolement du Japon, car ils étaient les seuls Occidentaux encore autorisés à pénétrer dans le pays. Aujourd'hui, Dejima n'est plus une île, car les environs ont été reconquis au XXe siècle. Cependant, plusieurs structures historiques de Dejima subsistent ou ont été reconstruites dans la région, notamment des résidences, des entrepôts, des remparts et des portes. L'objectif ultime est de reconvertir Dejima en île en creusant des canaux sur ses quatre côtés.

La cathédrale d'Urakami (浦上天主堂, Urakami Tenshudō) est une église catholique de Nagasaki à l'histoire tragique et passionnante. Aujourd'hui encore en activité, elle est installée dans un grand bâtiment de briques rouges de style européen. Elle abrite diverses reliques ayant survécu au bombardement atomique. La bombe atomique larguée sur Nagasaki le 9 août 1945 a presque entièrement détruit l'église, située à seulement 500 mètres de l'hypocentre. Un groupe de saints calcinés en pierre a été laissé sur place et se dresse toujours devant un mur dévasté devant la cathédrale. D'autres reliques se trouvent également à l'intérieur, dont la tête d'une statue de Sainte Marie, retrouvée après l'explosion, et l'une des cloches d'origine de l'église. La version moderne de la cathédrale a été achevée en 1959.

Le Musée d'histoire et de culture de Nagasaki (長崎歴史文化博物館, Nagasaki Rekishi Bunka Hakubutsukan) est un musée moderne et bien conçu, consacré à l'histoire de Nagasaki, l'un des principaux ports de commerce international du Japon. L'exposition permanente, d'une taille considérable, s'étend sur deux étages et comprend plusieurs sections, chacune consacrée à une facette différente de la riche histoire de Nagasaki. Pendant l'époque d'Edo, le gouvernement japonais adopta l'isolationnisme, coupant ainsi le pays du reste du monde. À cette époque, Nagasaki devint l'un des seuls ports où le commerce international, notamment avec la Chine et les Pays-Bas, était autorisé. Cela fit temporairement de la ville la principale fenêtre du Japon sur le monde extérieur et permit à une économie, une culture et un patrimoine riches de prospérer.

L'église d'Oura (大浦天主堂, Ōura Tenshudō) est une église catholique de Nagasaki. Construite vers la fin de l'époque d'Edo, en 1864, par un missionnaire français pour la communauté croissante de marchands étrangers de la ville, elle est considérée comme la plus ancienne église chrétienne encore debout au Japon. L'église d'Oura est dédiée à la mémoire des 26 chrétiens exécutés dans la ville en 1597. Aujourd'hui, l'église, toujours en activité, est un bel exemple d'architecture européenne contemporaine et attire de nombreux visiteurs. Elle fut le premier bâtiment de style occidental au Japon à être classé trésor national. Le prix d'entrée élevé comprend l'entrée à un musée consacré à l'histoire du christianisme au Japon.

Le temple Kofukuji (興福寺, Kōfukuji) est le plus ancien et l'un des plus importants temples fondés par des Chinois à Nagasaki. Situé dans le quartier de Teramachi (« la ville des temples »), il est le berceau de l'école Obaku du bouddhisme zen au Japon et présente de nombreux attraits. Le temple a été fondé vers 1620 par un moine chinois, à une époque où de nombreux marchands chinois venaient à Nagasaki pour commercer. Le complexe était à l'origine un lieu de prière pour la sécurité des voyages maritimes des marchands. Sa construction, fortement influencée par l'architecture chinoise, lui confère une atmosphère différente des autres temples du Japon.

Le sanctuaire de Confucius de Nagasaki (孔子廟, Kōshi-byō) est l'un des rares sanctuaires dédiés au vénérable philosophe chinois Confucius au Japon. Construit en 1893 par la communauté chinoise de Nagasaki, ce sanctuaire coloré et pittoresque abrite également un musée à l'arrière du parc. Un petit jardin avec un pont et un étang accueille les visiteurs à l'entrée. Les bâtiments richement décorés de style chinois sont ornés de toits jaunes. Encadrant la cour du sanctuaire se dressent les 72 sages, des statues de pierre grandeur nature pesant environ deux tonnes chacune et représentant les disciples de Confucius. Le sanctuaire encourage les visiteurs à trouver parmi les statues celle qui ressemble à un parent.

Le monument aux Vingt-Six Martyrs et le musée adjacent (二十六聖人記念館, Nijūroku Seijin Kinenkan) de Nagasaki sont dédiés aux vingt-six chrétiens exécutés ici le 5 février 1597. Parmi eux se trouvaient des missionnaires étrangers et des laïcs japonais. Les activités missionnaires étaient interdites à l'époque, et le dirigeant japonais Toyotomi Hideyoshi organisa l'exécution en guise d'avertissement. Le monument est situé dans un petit parc sur une colline, non loin de la gare de Nagasaki, et offre une belle vue sur la ville. Une ligne rouge part du monument et traverse la place du parc en direction de l'église d'Oura, de l'autre côté de la ville. L'église d'Oura est également dédiée aux 26 martyrs.

Le Versant Hollandais (オランダ坂, Oranda-zaka) est une rue pavée qui monte à flanc de colline à Nagasaki. C'est là que de nombreux commerçants étrangers résidèrent après l'ouverture du port de la ville au commerce extérieur en 1859. Les Hollandais étant les seuls Occidentaux autorisés à pénétrer dans le pays pendant les deux siècles précédents, le terme « Hollandais » désigna pendant un temps tout ce qui était occidental. Il reste aujourd'hui quelques anciennes résidences dans le quartier. Parmi elles, la Higashi Yamate 13 est ouverte au public. Autrefois demeure d'une famille européenne aisée, cette ancienne maison de style occidental a été bien préservée, conservant une grande partie de son mobilier et de l'agencement des pièces. Un balcon à l'étage offre une belle vue sur les environs. Un café se trouve au rez-de-chaussée.

Meganebashi (眼鏡橋, littéralement « Pont aux Lunettes ») est le plus remarquable des nombreux ponts de pierre qui enjambent la rivière Nakashima, dans le centre-ville de Nagasaki. Ce pont, qui doit son nom à sa ressemblance avec une paire de lunettes se reflétant dans l'eau, est une attraction touristique populaire et est classé bien culturel important. Construit en 1634, il fut supervisé par le moine chinois qui deviendra plus tard le prêtre résident du temple Kofukuji, situé à quelques pas. Le pont, comme beaucoup d'autres le long de la rivière, a été gravement endommagé par les eaux de crue de 1982, mais a depuis été réparé avec des pierres récupérées. Une promenade en pierre longe la rivière, agréable à flâner, offre une vue imprenable sur l'eau et les ponts. Cette promenade, paisible, est accessible par des marches situées à différents endroits le long de la rivière, au niveau de la rue.

Le musée d'art préfectoral de Nagasaki est un complexe moderne et spacieux situé de manière attrayante près du port de Nagasaki. Le musée, conçu par le célèbre architecte Kuma Kengo, a ouvert ses portes en 2005 et abrite des collections permanentes d'art liées à Nagasaki ainsi qu'une grande collection d'art espagnol. De plus, il accueille également des expositions temporaires.

Le Parc de la Paix de Nagasaki (平和記念公園), construit près de l'hypocentre de la bombe atomique, commémore les victimes du bombardement de 1945 et promeut la paix dans le monde. Sa statue centrale symbolise l'espoir et le souvenir. Le parc abrite des monuments internationaux pour la paix, la Fontaine de la Paix, et se trouve à proximité du Musée de la Bombe Atomique et du Parc de l'Hypocentre.

Le Musée de la Bombe Atomique de Nagasaki (長崎原爆資料館), situé près de l'hypocentre du bombardement du 9 août 1945, documente les ravages causés par la bombe atomique et la reconstruction de la ville. Le musée présente des objets tels qu'un chapelet fondu, une horloge arrêtée à 11 h 02 et des effets personnels de victimes. À travers des photographies, des témoignages de survivants et des expositions, il témoigne des horreurs de la guerre nucléaire et promeut la paix. Il propose des audioguides, une bibliothèque, une salle vidéo et un accès sans obstacle. Le musée rappelle avec force les conséquences de la guerre et l'urgence d'un désarmement nucléaire et d'une paix mondiale durable.