Le site semble avoir été habité pour la première fois au cours de la période néolithique précéramique B, entre 8800 et 7000 av. J.-C. environ. Des vestiges néolithiques de certains bâtiments y sont visibles. Selon l'écrivain Philon de Byblos (citant Sanchuniathon et cité par Eusèbe), Byblos avait la réputation d'être la plus ancienne ville du monde, fondée par Cronos. Au cours du IIIe millénaire av. J.-C., les premiers signes d'une ville sont visibles, avec les vestiges de maisons bien construites et de taille uniforme. C'est à cette époque que la civilisation cananéenne a commencé à se développer.

Grotte Supérieure Une visite à pied et une aventure palpitante sur une distance d'environ 700 m, sur les 2 200 m de longueur totale de la grotte, émerveilleront le visiteur par la beauté spectaculaire de ses formations calcaires extraordinaires. Grotte Inférieure Une courte promenade en bateau, sur une distance d'environ 400 m, sur les 7 800 m de longueur totale de la grotte, captivera le visiteur et le transportera dans un autre monde empreint de paix et de splendeur envoûtante.

Harissa est un lieu de pèlerinage chrétien majeur, avec un sanctuaire dédié à Notre-Dame du Liban. En 1904, à l'occasion du 50e anniversaire de la proclamation du dogme de l'Immaculée Conception, le patriarche Élias Hoyek annonça la fondation de l'édifice de Notre-Dame du Liban. Le sanctuaire appartient au Patriarcat maronite, qui en confia l'administration à la Congrégation des Missionnaires libanais maronites depuis sa fondation en 1904. L'église d'origine fut construite par Sleiman Yakoub Hokayim de Batroun. La montagne porte le nom de Harissa (d'après le village situé à son sommet). Lors de son inauguration en 1908, le patriarche dédia le Liban à la Vierge Marie : « Ô Marie, Reine des montagnes et des mers et Reine de notre Liban bien-aimé… » Le patriarche Hoyek désigna le premier dimanche du mois de mai comme fête de Notre-Dame du Liban. En ce jour, le Patriarche Maronite et tous les Evêques libanais célèbrent la Divine Liturgie en plein air au Sanctuaire de Notre-Dame du Liban.