Les Incas construisirent le temple de Kiswarkancha sur la place principale de Cuzco. C'était le palais inca de Viracocha, souverain du royaume de Cuzco environ un siècle avant l'arrivée des colons espagnols. Le nom aborigène de cette ville était Qusqu. Bien qu'utilisé en quechua, son origine se trouve en aymara. Le mot lui-même tire son origine de l'expression qusqu wanka (« Rocher du hibou »), en référence au mythe fondateur des frères Ayar. Près du Kiswarkancha se trouvait le Suntur Wasi, une armurerie et un centre héraldique pour la royauté inca. Lorsque les conquistadores espagnols arrivèrent à Cuzco, ils décidèrent de démolir le temple et d'y construire leur cathédrale chrétienne. La construction de la cathédrale commença en 1559 sur les fondations de Kiswarkancha. Sa forme en croix latine en faisait un lieu de culte catholique espagnol. L'emplacement du palais de Viracocha fut choisi pour éradiquer la religion inca de Cuzco et la remplacer par le christianisme catholique espagnol. 1559 étant seulement 26 ans après l'entrée des conquistadors à Cuzco en 1533, la grande majorité de la population était encore d'origine quechua-inca. Les Espagnols utilisèrent les Incas comme main-d'œuvre pour la construction de la cathédrale. Les plans originaux de ce vaste édifice de 4 000 m² furent dessinés par l'architecte et conquistador espagnol Juan Miguel de Veramendi. Sa conception, en forme de croix latine, comportait une nef à trois nefs, dont le toit n'était soutenu que par 14 piliers. Pendant les 95 ans de sa construction, les travaux furent supervisés par des prêtres et des architectes espagnols, jusqu'à son achèvement en 1654. La plupart des pierres de l'édifice provenaient de Sacsayhuamán, un édifice sacré et défensif inca situé sur les collines surplombant Cuzco. Grâce à sa taille imposante, une grande partie de Sacsayhuamán est restée intacte. Tout comme le temple de Viracocha fut démoli et les pierres sacrées de Sacsayhuamán furent utilisées pour construire la cathédrale, la profanation intentionnelle de l'architecture religieuse inca fut commise lorsque les Espagnols apprirent que le sable répandu sur la place principale de Cuzco était considéré comme sacré. Ils le retirèrent et l'utilisèrent dans le mortier de la cathédrale. Le style gothique-Renaissance de la cathédrale reflète celui de l'Espagne de l'époque de la conquête espagnole de l'Amérique du Sud et de Cuzco. La façade de la Plaza de Armas témoigne également de l'influence baroque. Les Incas y ont incorporé une partie de leur symbolisme religieux. Par exemple, la tête sculptée d'un jaguar (un dieu important ou un motif religieux répandu dans une grande partie de l'ancien Pérou) figure sur les portes de la cathédrale.

Initialement nommé Intikancha ou Intiwasi, il était dédié à Inti et se situe dans l'ancienne capitale inca de Cuzco. En grande partie détruit après la guerre du XVIe siècle contre les conquistadors espagnols, une grande partie de ses pierres constitue les fondations de l'église et du couvent de Santo Domingo. Pour construire Coricancha, les Incas ont utilisé la maçonnerie en pierre de taille, composée de pierres cubiques de taille similaire. L'utilisation de cette maçonnerie a rendu la construction du temple beaucoup plus difficile, car les Incas n'ont utilisé aucune pierre présentant une légère imperfection ou cassure. En choisissant ce type de maçonnerie, les Incas ont intentionnellement démontré l'importance de l'édifice par l'ampleur de la main-d'œuvre nécessaire à sa construction. Par le travail ardu nécessaire à la construction des bâtiments en maçonnerie de pierre de taille, ce type de construction est devenu le symbole du pouvoir impérial des Incas pour mobiliser la main-d'œuvre locale. La reproduction dans toute l'Amérique du Sud andine de techniques architecturales incas, telles que celles employées à Coricancha, illustre une fois de plus la domination des Incas sur une vaste région géographique. Pachacuti Inca Yupanqui reconstruisit Cusco et la Maison du Soleil, l'enrichissant de nouveaux oracles et édifices, et y ajoutant des plaques d'or fin. Il fournit des vases d'or et d'argent aux Mama-cunas, religieuses, pour les offices religieux. Enfin, il prit les corps des sept Incas défunts et les orna de masques, coiffes, médailles, bracelets et sceptres d'or, les plaçant sur un banc doré. Les murs étaient autrefois recouverts de feuilles d'or, et la cour adjacente était remplie de statues dorées. Les rapports espagnols décrivent son opulence « incroyable ». Lorsque les Espagnols exigèrent des Incas une rançon en or pour la vie du chef Atahualpa, la majeure partie de l'or fut collectée à Coricancha. Les colons espagnols ont construit l'église de Santo Domingo sur ce site, démolissant le temple et utilisant ses fondations pour la cathédrale. La construction a duré près d'un siècle. C'est l'un des nombreux sites où les Espagnols ont intégré la maçonnerie inca à la structure d'un édifice colonial. De violents tremblements de terre ont gravement endommagé l'église, mais les murs de pierre incas, construits à partir d'énormes blocs de pierre étroitement imbriqués, sont toujours debout grâce à leur maçonnerie sophistiquée. À proximité se trouve un musée archéologique souterrain qui expose des momies, des textiles et des idoles sacrées provenant du site.

Le terme Sacsayhuaman signifie en quechua « lieu où le faucon est rassasié ». Ce nom est certainement dû à la présence de ces oiseaux. On suppose qu'il s'agissait d'une forteresse, bien qu'on pense également qu'il s'agissait d'un centre cérémoniel. En raison de sa structure à caractère militaire, les Espagnols, à leur arrivée au XVIe siècle, l'auraient baptisée « forteresse ». Lorsque l'attaque espagnole fut repoussée lors de la rébellion inca de Vilcabamba, le lieu servit de forteresse inca. L'architecture de Sacsayhuaman comprend des bâtiments sacrés tels que des habitations, des tours, des sanctuaires, des entrepôts, des routes et des aqueducs. C'est pourquoi la forme et l'harmonie du paysage rappellent celles d'autres sites sacrés incas comme le Machu Picchu. Le mur principal de Sacsayhuaman est construit en zigzag avec des pierres géantes atteignant 5 mètres de haut et 2,5 mètres de large (entre 90 et 125 tonnes). Le côté sud est délimité par un mur poli d'environ 400 mètres de long. Les côtés est et ouest sont délimités par d'autres murs et plateformes. Selon le chroniqueur péruvien Inca Garcilaso de la Vega, Sacsayhuaman fut la plus grande œuvre architecturale construite par les Incas à leur apogée. Sacsayhuaman offre une vue imprenable sur Cusco. On peut y admirer les sommets de l'Ausangate, du Pachatusán et du Cinca, considérés comme sacrés par les Incas. Le complexe archéologique lui-même abrite des sites remarquables, dont certains sont chargés d'histoire et de signification.

L'Empire inca fut entièrement détruit par les forces européennes au XVIe siècle. Nombre de ses temples, forteresses et villes imposants furent préservés, mais sans aucun indice quant à leur fonction. Le temple de Qenqo, à quinze minutes de Cuzco, est tout aussi mystérieux, et un sombre récit s'est formé dans ce vide historique. En quechua, Qenqo signifie labyrinthe ou zigzag, et le temple doit son nom au canal tortueux creusé dans la roche. Bien qu'il soit clair que ce canal transportait un liquide, les chercheurs ont dû deviner sa fonction et le liquide qu'il transportait. Les hypothèses vont du transport d'eau bénite à la chicha (bière de maïs) en passant par le sang. Toutes trois indiquent que Qenqo était utilisé pour des rituels funéraires, peut-être pour embaumer les corps ou pour déterminer si une personne menait une vie vertueuse grâce au cours du liquide. Qenqo est également un temple unique par sa construction, entièrement creusé dans un gigantesque monolithe. Étendu à flanc de colline, le temple est creusé dans la roche et allie tunnels artificiels et chambres naturelles. L'une de ces chambres, aménagée en amphithéâtre et dotée de 19 petites niches, a été conçue. Là encore, la fonction du théâtre s'est perdue au fil du temps, mais la plupart s'accordent à dire que cet espace était utilisé pour des sacrifices aux dieux du soleil, de la lune et des étoiles, vénérés sur place.

Puca Pucara abrite des enceintes telles que des places intérieures, des canaux, des aqueducs, des thermes et une ancienne route bien connue, qui aurait fait partie du réseau de routes incas connu sous le nom de Qhapaq Ñan. Les bâtiments sont construits avec des rochers de différentes tailles (petits et moyens). Puca Pucara présente une surface rocheuse très irrégulière, comparée à d'autres sites archéologiques. Le nom Puca Pucara signifie « fort rouge » et est dû à l'emplacement du groupe archéologique et à la présence d'une enceinte semi-circulaire. Le rouge est la couleur de la terre. Ce nom est utilisé depuis le XXe siècle. Les bâtisseurs de la civilisation inca ont construit trois murs de plan irrégulier, définissant les trois niveaux du site. Le premier mur présente un chemin sinueux, évitant soigneusement de couper les rochers saillants. À l'extrémité nord, à l'arrière du mur extérieur, se trouvent six pièces de tailles différentes, disposées de manière irrégulière afin d'éviter tout contact avec les pierres qui le composent. À l'ouest, vous trouverez un haut lieu de forme trapézoïdale, accessible par un escalier extérieur. Autrefois, la place était entourée de bâtiments sur deux côtés. Les neuf salles régulièrement disposées à cet endroit ne semblent pas avoir été des enceintes fortifiées. Un deuxième mur entoure l'élévation centrale. Ces deux premiers murs présentent de larges plateformes à l'est et au sud du site. À l'arrière du deuxième mur, on trouve trois salles différentes, typiques de l'architecture inca, dont deux n'ont pas le sol rectangulaire habituel, mais trapézoïdal. Le troisième mur entoure le sommet et ne conserve aucune trace des bâtiments qui auraient pu exister à cet endroit. Les bâtiments ont été construits avec des pierres de tailles variées, allant de moyennes à petites, dont la surface est très irrégulière comparée à d'autres vestiges archéologiques de la civilisation inca. Le plan urbain présente un agencement adéquat et fonctionnel. Selon certains chroniqueurs, à l'époque préhispanique, lorsque l'Inca se préparait à visiter les bains de Tambomachay, son entourage, composé de soldats et de danseurs, séjournait à Puca Pucara, qui servait à la fois de caserne et de tambo (auberge). Des rumeurs circulent sur l'existence d'une chincana (tunnel), censée servir de voie de communication entre ces deux villes incas.

Tambomachay est un site archéologique inca situé juste à l'extérieur de Cuzco. Sa fonction précise est inconnue, mais il pourrait avoir servi de lieu cérémoniel, de spa inca ou d'avant-poste militaire, voire les trois à la fois. Tambomachay se trouve sur une colline à environ 6,5 kilomètres au nord de Cuzco, à environ 3 700 mètres d'altitude. La structure se compose de trois terrasses étagées en pierre inca de haute précision, avec des niches trapézoïdales aménagées dans certains murs de soutènement. L'ensemble est construit sur, ou dans, une source naturelle qui alimente en continu une série de petits aqueducs, de canaux et de cascades aménagés dans les terrasses. Le site est également connu sous le nom d'El Baño del Inca, ou le Bain de l'Inca. Ce nom fait référence à l'une des théories les plus anciennes sur sa fonction : il s'agissait d'une sorte de spa pour le souverain inca, et peut-être pour la noblesse inca au sens large. C'est un endroit isolé et tranquille, et l'eau qui coule constamment aurait certainement comblé tous les besoins des Incas en matière de cure thermale. Mais il se passait probablement bien plus à Tambomachay que de simples bains en altitude.