Das Mosquito Lagoon Aquatic Preserve liegt im mittleren Osten Floridas im südlichen Volusia County südlich der Ponce de Leon Inlet. Es grenzt an zwei Gemeinden – New Smyrna Beach und Edgewater – und liegt 80 Kilometer nordöstlich von Orlando. Die Mosquito Lagoon ist Teil des Indian River Lagoon (IRL)-Systems, einer langen, breiten und flachen Ästuarlagune, die im Westen vom Festland Floridas und im Osten von einer Kette von Barriereinseln begrenzt wird. Das Mosquito Lagoon Aquatic Preserve befindet sich im nördlichsten Teilbecken des IRL-Systems und ist ein durch Sandbänke gebildetes Ästuar. Das IRL-System erstreckt sich über 250 Kilometer von der Ponce de Leon Inlet am nördlichen Ende bis zur Jupiter Inlet am südlichen Ende. Es ist die Heimat von Großen Tümmlern, Meeresschildkröten, Seekühen, verschiedenen Fischarten, Alligatoren und Vögeln. Darüber hinaus beherbergt es die nördlichsten Gebiete mit roten und schwarzen Mangroven, niedrige und hohe Sumpfgebiete, ausgedehnte Austernbänke und Wattflächen.