Der große Palast der osmanischen Sultane aus dem 15. bis 19. Jahrhundert beherbergt eine exquisite Sammlung kostbarer Edelsteine, Schmuckthrone der Sultane, Kostüme der Sultane und ihrer Familien, Miniaturen, den Heiligen Mantel und eine Kammer der heiligen Reliquien. (Der Harem ist nicht im Programm enthalten und für den Besuch wird eine zusätzliche Eintrittsgebühr erhoben.)

Die zweitgrößte Kirche nach der Hagia Sophia: Die Hagia Irene im äußeren Hof des Topkapı-Palastes ist die älteste Kirche des Oströmischen Reiches (Byzanz). Sie war nach der Hagia Sophia auch die zweitgrößte Kirche Istanbuls. Hagia Irene, was ursprünglich „Heiliger Frieden“ (Hagia Eirene) bedeutet, hat eine besondere Bedeutung als Geburtsort der türkischen Museologie. Die Hagia Irene, ein typisch byzantinisches Bauwerk mit charakteristischen Materialien und Architekturelementen, wurde 330 an der Stelle eines alten Tempels errichtet. Während der Herrschaft von Kaiser Justinian führte der Nika-Aufstand im Jahr 532 zur Zerstörung der Hagia Sophia und der Hagia Irene. Beide wurden gemeinsam wiederaufgebaut.