يُرجَّح أن معبد بوسيدون الأصلي، الذي يعود إلى العصر القديم في الموقع، والذي بُني من حجر الطوف، قد دُمِّر عام ٤٨٠ قبل الميلاد على يد القوات الفارسية خلال غزو زركسيس الأول لليونان. ورغم عدم وجود دليل مباشر على سونيون، إلا أن زركسيس أمر بالتأكيد بهدم معبد أثينا وكل شيء آخر على أكروبوليس أثينا عقابًا على عصيان الأثينيين.[١] بعد هزيمتهم زركسيس في معركة سلاميس البحرية، وضع الأثينيون سفينة حربية كاملة من طراز تريريم (سفينة حربية بثلاثة صفوف من المجاديف) في سونيون كغنيمة مُهداة لبوسيدون.[٢] بُني معبد بوسيدون في سونيون بين عامي ٤٤٤ و٤٤٠ قبل الميلاد. كان ذلك خلال صعود رجل الدولة الأثيني بريكليس، الذي أعاد أيضًا بناء البارثينون في أثينا. بُني على أنقاض معبد يعود تاريخه إلى العصر القديم.