تنقسم المجموعة الدائمة إلى قسمين منفصلين، أحدهما زمني والآخر موضوعي. وتشمل الأقسام الزمنية ما يلي: الآثار القديمة، الفرعونية، اليونانية الرومانية، القبطية، العصور الوسطى، الإسلامية، الحديثة والمعاصرة. أما الأقسام الموضوعية، فتشمل ما يلي: فجر الحضارة، النيل، الكتابة، الدولة والمجتمع، الثقافة المادية، المعتقدات والفكر، ومعرض المومياوات الملكية. وقد قدمت اليونسكو الدعم الفني للمتحف. أُخذت هذه المجموعات من متاحف مصرية أخرى، مثل المتحف المصري، والمتحف القبطي، ومتحف الفن الإسلامي، وقصر ومتحف المنيل في القاهرة، ومتحف المجوهرات الملكية في الإسكندرية. في ٣ أبريل ٢٠٢١، افتُتح المتحف رسميًا، قبيل نقل ٢٢ مومياء، من بينها ١٨ ملكًا وأربع ملكات، من المتحف المصري في فعالية عُرفت باسم "موكب الفراعنة الذهبي".