يعود تاريخ بناء الكنيسة إلى عام ٦٩٠م، بينما يعود أول ذكر للكنيسة إلى عام ٨٣١م. أعاد البطريرك إبراهيم بناء الكنيسة وترميمها عام ٩٧٥م، وشهدت العديد من عمليات الترميم على مدار تاريخها، بينما تم الاحتفاظ بآثارها التي لم تعد صالحة للاستخدام في المتحف القبطي، نظرًا لأهميتها التاريخية والأثرية.

كنيسة القديس جورج هي كنيسة أرثوذكسية يونانية تقع داخل قلعة بابل في القاهرة القبطية. وهي جزء من دير القديس جورج البطريركي المقدس التابع لبطريركية الروم الأرثوذكس بالإسكندرية وكل أفريقيا. يعود تاريخ الكنيسة إلى القرن العاشر (أو قبل ذلك). أعيد بناء الهيكل الحالي بعد حريق عام ١٩٠٤، وانتهى البناء في عام ١٩٠٩.

كانت الكنيسة في الأصل مخصصة للقديسين أبي قير ويوحنا (أو القديسين قورش ويوحنا). وعندما تم نقل رفات القديسة بربارة إلى هنا، تم بناء حرم منفصل. وبالتالي، يوجد الآن كنيستان منفصلتان تم بناؤهما في هذا الموقع. وقد بنى الكنيسة أثناسيوس، الكاتب الثري وسكرتير عبد العزيز بن مروان (حاكم مصر بين ٦٨٥ و٧٠٥ م). يمكن أن يعود تاريخ الباب الذي عُثر عليه أثناء إحدى عمليات الترميم العديدة للكنيسة إلى القرن الرابع. بين عامي ١٠٧٢ و١٠٧٣، تم ترميم الكنيسة بالكامل لإيواء رفات القديسة بربارة. لا تزال هذه الرفات باقية حتى يومنا هذا. تضررت الكنيسة مرة أخرى بسبب حريق خلال القرن الثاني عشر. تم تجديد الكنيسة مؤخرًا على نطاق واسع بين عامي ١٩١٠ و١٩٢٢، عندما تم التضحية بالخورس، وهي غرفة عرضية تسبق الحرم، من أجل السماح بمساحة أكبر.

يُعتقد تقليديًا أن كنيسة القديسين سرجيوس وباخوس قد بُنيت في المكان الذي استراحت فيه العائلة المقدسة، يوسف ومريم والطفل يسوع المسيح، في نهاية رحلتهم إلى مصر. ربما عاشوا هنا بينما كان يوسف يعمل في القلعة. تتمتع الكنيسة بأهمية تاريخية كبيرة، وفي الواقع، تم انتخاب العديد من بطاركة الكنيسة القبطية فيها. كان أول من انتُخب هنا هو البطريرك إسحق (٦٨١-٦٩٢). إنها كنيسة الأسقفية في القاهرة، وكانت مقر الأسقفية في مصر (منطقة القاهرة القديمة) هي التي حلت محل مقر الأسقفية السابق في بابل. تم تكريس العديد من أساقفة المقر في الكنيسة حتى عهد البطريرك كريستودولوس (١٠٤٧-١٠٧٧).

لا يُعرف تاريخ تأسيس كنيس بن عزرا، على الرغم من وجود أدلة جيدة من الوثائق الموجودة في الجنيزا على أنه يعود تاريخه إلى ما قبل عام ٨٨٢ م وربما يعود إلى ما قبل الإسلام. في عام ٨٨٢، باع بطريرك الكنيسة القبطية الأرثوذكسية بالإسكندرية كنيسة وأراضيها لمجموعة من اليهود، وافترض بعض علماء القرن التاسع عشر أن هذا كان أصل بن عزرا. ومع ذلك، كان المشترون من أتباع الأكاديميات التلمودية في بابل، وكان بن عزرا جماعة تلتزم بتعاليم الأكاديميات التلمودية المنافسة في سوريا فلسطين. يتفق العلماء المعاصرون على أن بيع الأرض في عام ٨٨٢ كان لكنيس منافس.

يقع دير القديس سمعان المعروف أيضًا باسم كنيسة الكهف في قلب جبل المقطم في جنوب شرق القاهرة، وهو أحد أكبر الكنائس ليس فقط في مصر بل وأيضًا في الشرق الأوسط. تقع كنيسة الكهف في منطقة تُعرف باسم مدينة الزبالين، والتي تعني حرفيًا "مدينة القمامة". تضم هذه المدينة أكبر عدد من جامعي القمامة وإعادة التدوير في القاهرة. تم بناء كنيسة الكهف تخليداً لذكرى القديس سمعان الذي عاش في أواخر القرن العاشر أثناء حكم الخليفة الفاطمي المعز. عمل القديس سمعان في الدباغة وهي حرفة معروفة حتى يومنا هذا.