الكنيسة مخصصة للقديسين سرجيوس وباخوس، اللذين استشهدا في القرن الرابع في سوريا على يد الإمبراطور الروماني ماكسيمينا. وأكثر ما يميزها هو القبر الذي يقال إن مريم ويوسف والطفل يسوع استراحوا فيه. يبلغ عمق القبر ١٠ أمتار، وعندما ترتفع مستويات النيل، غالبًا ما تغمره المياه.

سميت الكنيسة المعلقة بهذا الاسم نسبة إلى موقعها فوق بوابة حصن بابليون، الحصن الروماني في القاهرة القبطية (القاهرة القديمة)؛ حيث يتدلى صحنها فوق ممر. ويمكن الوصول إلى الكنيسة عن طريق تسع وعشرين درجة؛ وقد أطلق عليها المسافرون الأوائل إلى القاهرة اسم "كنيسة الدرج". وقد ارتفعت مساحة الأرض حوالي ستة أمتار منذ العصر الروماني، لذا فإن البرج الروماني مدفون في الغالب تحت الأرض، مما يقلل من التأثير البصري لارتفاع الكنيسة.

كنيس بن عزرا (بالعبرية: בית קנסת בן עזרא؛ بالعربية: מעבד בן עזרא)، ويُشار إليه أحيانًا باسم كنيس الجنيزا (בית קנסת אל גניזה) أو كنيس الشاميين، يقع في منطقة الفسطاط في القاهرة القديمة، مصر. بحسب الفولكلور المحلي، فهو يقع في الموقع الذي تم العثور فيه على الطفل موسى.

لا توجد مجتمعات مسيحية كبيرة في مصر ذات الأغلبية المسلمة. ومن بين المجموعات الأكثر اكتظاظاً بالسكان جماعة الزبالين الذين يعملون في جمع القمامة، والذين احتفظوا بمعتقداتهم القبطية وأسسوا أكبر كنيسة مسيحية في الشرق الأوسط في دير القديس سمعان.